Lékař a učitel Sebastián Roldán y Maldonado podle vůle dal v roce 1735 své bohatství 26 tisíc pesos na mise jezuitů ve světě nového Španělska.
Jeho sestra, paní Ángela Roldán, vdova po H. (O) rdeñaně, se po letech, v roce 1743, rozhodla za stejným účelem přidat k odkazu svého bratra 50 tisíc pesos. Představení se poté rozhodli získat v Pueble pozemek sousedící s náměstím Guadalupe, aby zde mohli postavit kostel a školu San Francisco Javier, poslední důležité dílo Tovaryšstva Ježíšova v tomto městě a v Mexiku před jejich vyloučením.
Mezi 1. a 13. prosincem 1751 se konalo otevření kostela a školy, aby se, stejně jako v San Gregorio de México, šířila mezi domorodci křesťanská nauka a první dopisy, prováděly misijní práce ve čtvrtích Angelópolis a v Sierra de Puebla, stejně jako trénovat jezuity v přirozených jazycích. V počátečních letech měla více než 200 studentů.
Tam pracoval jako indický dělník od roku 1761, podle záznamů nejslavnější z osobností své doby: Francisco Javier Clavijero (1731-1787), významný a vážený jezuita v dějinách idejí, předchůdce naší závislosti, iniciátor a exalter našeho silného domorodého kulturního dědictví, reformátora moderní filozofie Mexika a výuky přírodních věd, kvůli jeho „chápání vlasti jako reality odlišné od Španělska“ a pro její trvalou a citlivou lekci lásky k tomu, co je naše.
Clavijero už byl v Pueble a před lety v San Jerónimo, San Ignacio, EI Espíritu Santo a San Ildefonso, rozhodující v jeho humanistickém výcviku. Vrátil se do San Javier poté, co objevil nádherné dědictví, které Carlos de Sigüenza y Góngora zanechal v Colegio de San Pablo de la Vieja México-Tenochtitlan, jistě přitahované domorodou velikostí, kulturními kořeny Mexika. Předpokládá se, že tento jezuita se naučil Nahuatl v San Javier, což by mu umožnilo psát jeho základní starověké dějiny Mexika v exilu.
Nepochybně jeho pobyt v Pueble přispěl k vytvoření této pozoruhodné osobnosti, která z Angelopolisu přešla do Valladolidu (Morelia), kde jeho učení později ovlivnilo formování národních osobností, jako je Miguel Hidalgo y Costilla.
Kostel San Javier, postavený v osmnáctém století, byl jednou z nejkrásnějších budov ignaciánského řádu v Pueble, jeho výzdoba je každého vkusu, jeho arogantní kupole má jedinou věž, nádherné obrazy fasády tří těl rozmarný Doric, říká Marco Díaz. Jeho arkády a terasa byly anarchicky transformovány v roce 1949 a zůstal pouze boční vchod zajímavých tvarů.
V apsidě byl pozlacený oltářní obraz vynikajícího a dokonalého zpracování, uprostřed kterého byl pod krásným stejně velkým pavilonem umístěn krásný obraz svatého Františka Xaverského. Podle Dr. Efraína Castra jsou autory tohoto oltářního obrazu stejní autoři, kteří vytvořili ten v Tepozotlánu: Miguel Cabrera a Higinio de Chávez.
Chrám byl opuštěn vyhnáním jezuitů v roce 1767; O 28 let později, v roce 1795, se hovoří o jeho velkém zhoršení a následující rok Antonio de Santa María Inchaurregui komentuje jeho opravu. Konečný cíl jeho uměleckého bohatství není v současné době znám, například oltářní obrazy s postavami svatých Josého a Ignacia a pozoruhodné guatemalské kousky. Na krytu San Javier se při čištění jeho kamenů objevily dopady šrapnelů přijatých na místě Puebla v roce 1863 jako nemí svědci.
Na základě zákona vydaného Kongresem Unie se San Javier 13. ledna 1834 stal majetkem vlády státu Puebla a tehdy byla vedle chrámu a vysoké školy postavena nová státní věznice v souladu s s plány velkého architekta a renovátora Puebla Josého Manza (1787-1860), způsobem vězení v Cincinnati. Tento projekt, který byl ve své době mimořádně pokročilý, zahrnoval workshopy rehabilitace vězňů, které je udržovaly aktivní a poskytovaly prostředky na podporu jejich rodin.
Počáteční přínos této práce odpovídá generálovi Felipe Codallosovi, guvernérovi státu v letech 1837-1841, který položil první kámen 11. prosince 1840. Stavební pokrok byl pozoruhodný až do roku 1847, kdy byl přerušen a vážně ovlivněn rozumem americké intervence. V roce 1849 s guvernérem Juanem Mújica y Osorio byly práce obnoveny, ale nový zásah, nyní francouzský, stavbu znovu pozastavil.
Po vznešeném vítězství 5. května 1862 a jeho okupaci kasárnami Joaquín Colombres z Puebly přeměnil věznici na pevnost Iturbide na obranu města a stal se hrdinským obléháním roku 1863. San Javier, pro jeho Zčásti od 18. do 29. března téhož roku to byla velmi důležitá bašta, kde mexické jednotky napsaly jeden ze svých nejlepších eposů, ačkoli budova byla bombardováním téměř úplně zničena.
O rok později, v roce 1864, silné zemětřesení významně poškodilo vězeňský komplex a budovu San Javier, ze které spadla jeho jediná věž.
Dne 13. prosince 1879 se skupina poblanosů ujala úkolu pokračovat a dokončit velké dílo a vytvořit výbor pro rekonstrukci, který generál Juan Crisóstomo Bonilla (guvernér v letech 1878 až 1880) sponzoroval dekretem Státního kongresu. Práce začaly 5. února 1880 pod vedením architekta Puebla Eduarda Tamarize a Juana Calvy y Zamudia, kteří respektovali původní pokyny José Manza.
S pozdějšími guvernéry subjektu (generálové Juan N. Méndez, který vládl v roce 1880 a Rosendo Márquez, který to udělal v letech 1881 až 1892) byla nekonečná práce uzavřena. Rekonstrukce byla téměř dokončena: pánské a dámské byty, klenby, schodiště, kanceláře, 36 pavilonů a půl tisíce buněk.
1. dubna 1891 byl ve státě zrušen trest smrti - první v zemi -, byl vytvořen Výbor pro ochranu vězňů a byly provedeny různé reformy trestního zákona subjektu a následujícího dne Porfirio Díaz, prezident Republika uvedla do výkonu trestu.
Pokud jde o náklady na jeho výstavbu, stojí za zmínku následující údaje: v roce 1840 byl stanoven zvláštní příspěvek ve výši 2,5% na prodej lihovin a v roce 1848 byla pulquerías stanovena kvóta 2 reales se manarios, “ daně “, které nikdy nestačily na skvělou práci. Od roku 1847 do roku 1863 bylo investováno 119 540,42 pesos a od roku 1880 do roku 1891 bylo vynaloženo 182 085,14.
Obce měsíčně zajišťovaly výživu vězňů ze svého regionu. Roční výdaje věznice v prvních letech činily více než 40 tisíc pesos. V roce 1903 založili lékaři Gregorio Vergara a Francisco Martínez Baca v ústavu antropometrickou a kriminalistickou laboratoř a muzeum s více než 60 lebkami vězňů, kteří zemřeli ve vězení, v současné době ve vazbě INAH.
Budova San Javier měla různá využití: kasárna, sklad, vojenská nemocnice, nemocnice pro epidemie, hasičská zbrojnice, městské elektrické oddělení a jídelna věznice, pro kterou byla postupně zničena. V roce 1948 byla na nádvoří a podloubí San Javier instalována státní škola, která vážně poškodila architektonický komplex, a v roce 1973 a v posledních letech byly vážně zasaženy její klenby.
Věznice Puebla byla v provozu až do roku 1984, roku, kdy guvernér státu Guillermo Jiménez Morales uspořádal lidovou konzultaci, aby ponechal rozhodnutí o použití a cíli těchto historických budov v rukou obyvatel Puebly, v jednom z nichž zářilo talent Francise Javiera Clavijera, naše domorodé jazyky se rozšířily a kromě bizarní obrany národní integrity v obou se uskutečnila důležitá vzdělávací práce, přinejmenším při dvou příležitostech. Jednomyslně obyvatelé Puebla požádali exekutivu, aby předělala věznici a zachránila San Javier, aby je zasvětil kulturním aktivitám a jako bohatá svědectví jsou nezbytná k udržení historické paměti Puebly naživu.
