Historie města, které se původně nazývalo Království Nové Galicie, pokračuje.
K dispozici je také stará jezuitská kolej Santo Tomás de Aquino, postavená v posledním desetiletí 16. století a která v roce 1792 byla obsazena univerzitou. Ze stavby zůstal jen kostel, který byl vybaven monumentální kopulí z minulého století a připojenou loretánskou kaplí, postavenou v roce 1695 Juan María de Salvatierra. Chrám San Juan de Dios, dříve kaple Santa Veracruz, postavený v 16. století Donem Pedrem Gómezem Maraverem, byl postaven v 18. století s barokní fasádou střízlivých charakteristik. Kostel La Merced s barokním stylem podobným kostelu San Juan de Dios, i když zdobnější, založili v 17. století mniši Miguel Telmo a Miguel de Albuquerque.
Chrám La Soledad byl postaven na konci 17. století a na začátku 18. století na žádost Juany Romana de Torresové a jejího manžela, kapitána Juana Bautisty Pandura. Na místě bylo bratrstvo Panny Marie samoty a Božího hrobu, které zabíralo kapli zasvěcenou San Francisku Xavierovi. Chrám a škola v San Diegu, dílo XVII. Století; první s velmi střízlivými dveřmi, které již zřejmě patří do neoklasicistního stylu, a druhá s nádhernou arkádou, která zdobí její starý klášter.
Kostel Jesús María, připojený ke stejnojmennému klášteru, byl založen v roce 1722; stále si zachovává své barokní fasády, na nichž můžete vidět velké sochy představující Sagrada Familia, Virgen de la Luz, San Francisco a Santo Domingo.
Nakonec je důležité zdůraznit další tři náboženské stavby, které se ukázaly jako nejlepší příklady vývoje koloniální architektury v Guadalajara, každá svého druhu, zejména mezi sedmnáctým a osmnáctým stoletím. Máme tedy kapli Aránzazu z poloviny 18. století s její zvědavou zvonicí a jejím interiérem zdobeným nádhernými malbami a oltáři Churrigueresque ze stejného období a považovanými za nejlepší ve městě. Klášter a kostel Santa Mónica, založený otcem Felicianem Pimentelem v první polovině 18. století; jeho chrám je vystaven dvojitou fasádou s bohatou výzdobou katalogizovanou jako nejlepší příklad bujného šalomounovského baroka. Chrám San Felipe Neri, postavený v roce 1766 architektem Pedrem Ciprésem, tvoří soubor mimořádné střízlivosti, která ve své výzdobě zahrnuje prvky s platereskými vzpomínkami, což je aspekt, který staví chrám jako nejlepší náboženskou budovu v Guadalajara.
V konstrukcích, které odpovídají civilní architektuře, jsou některé obdivuhodné budovy, mezi nimiž můžeme zmínit vládní palác, staré královské domy, které byly upraveny v 18. století na základě projektu vojenského inženýra Juana Franciska Espina, ačkoli fasáda byla dílo Miguela José Conique. Budova byla koncipována zásadně v barokním stylu, ale již v ní jsou patrné určité neoklasické tendence. V areálu fungovaly královské kanceláře, které byly ve zmizelém Palacio de Medrano, a soudní síně.
Máme také koncilní seminář zasvěcený San José, který zahájil biskup Galindo y Chávez v roce 1701, dnes obsazený Regionálním muzeem v Guadalajaře s hlavním klášterem toskánských sloupů a barokními dveřmi. Slavný Hospicio Cabañas postavený na počátku 19. století podle plánů proslulého architekta Manuela Tolsé, režie díla Josého Gutiérreze a dokončeného po letech architektem Gómezem Ibarrou, který představuje pozoruhodný příklad neoklasicistního stylu.
Z dalších drobných staveb, které dodávaly městu Guadalajara stylistickou jednotu, můžeme zmínit, i když ne všechny jsou zachovány: majestátní zámek ze 16. století, který stál před někdejším náměstím San Sebastián v sousedství Analco. Dům na Calle de la Alhóndiga č. 114, v současné době Pino Suárez. Rezidence, která patřila rodině Sánchez Leñero v čísle 37 a rezidence pana Dionisia Rodrígueze v čísle 133 na Calle de Alcalde. Dům Calderón, tradiční obchod s koloniálními cukrovinkami, založený v roce 1729 a nacházející se na rohu starých ulic Santa Teresa a Santuario, dnes Morelos a Pedro Loza; to Francisco Velarde, v neoklasicistním stylu, a nakonec ten, který byl Cañedo zámek, který se nachází v přední části zadní části katedrály.
Blízko Guadalajary, třetího nejdůležitějšího města v zemi, je staré město San Juan Bautista Melzquititlán, dnes San Juan de los Lagos. Toto město se stalo důležitým náboženským centrem díky velké zázračné tradici obrazu Panny Marie, který zachovává jeho baziliku, kterou v polovině 17. století postavil Don Juan Rodríguez Estrada. Ve stejném městě můžete vidět další stavby, jako je chrám třetího řádu, kaple na Kalvárii, kaple prvního zázraku ze 17. a 18. století. V populaci jsou také důležité civilní budovy, například Palác vysoké školy a budova desátků.
Ve městě Lagos de Moreno můžete vidět jeho hlavní farnost, dílo ze 17. století s nádhernou fasádou ve stylu Churrigueresque.
A konečně, v San Pedro Tlaquepaque jsou některé příklady barokní náboženské architektury v regionu, jako je farnost San Pedro a chrám Soledad.
