Kolonizace těchto vzdálených zemí byla dosažena díky neochvějné vůli a neúnavné práci skupiny jezuitských misionářů, kteří, protože věděli, že dobyvatelé nebyli schopni podmanit si domorodce, se rozhodli přinést jim evangelium, čímž dosáhli slovem co čehož nebylo dosaženo pomocí zbraní.
Na konci sedmnáctého století tedy misionáři dorazili na tehdy považovaný ostrov za nadšenou iniciativu jezuity Eusebia Kina, který získal povolení od španělských úřadů zahájit expedici admirála Isidra Atondo y Antillón. evangelizovat své neskrotné obyvatele. Pro udělení povolení stanovila koruna podmínku, aby bylo dobytí provedeno jménem španělského krále a aby misionáři sami získali prostředky k uskutečnění tohoto závazku.
První misi, Santa María de Loreto, založil v roce 1697 otec José María Salvatierra, který byl v Tarahumara a kterého otec Kino navrhl provést velké dílo. Santa María de Loreto byla po více než sto let politickým, ekonomickým a náboženským hlavním městem Kalifornie.
Během příštích tří čtvrtin století založili misionáři řetězec osmnácti nádherných pevností spojených takzvanou „královskou cestou“, kterou sami postavili, spojující oblast Los Cabos na jihu poloostrova se současnou hranicí s naší soused na severu; To bylo možné, protože mezi misionáři byli kaplani se znalostí stavebnictví a hydrauliky.
Někteří z těchto impozantních staveb přežijí v dokonalém stavu, například San Ignacio, jeden z nejkrásnějších a nejzachovalejších, který postavil otec Juan Bautista Luyando v roce 1728; San Francisco Javier, založený v roce 1699, který sestával ze skromné kaple nepřítele a kněžského domu postaveného Fray Francisco María Piccolo; současná budova byla postavena v roce 1774 otcem Miguelem Barcem a díky své krásné architektuře byla považována za „klenot misí Baja California Sur“; to Santa Rosalía de Mulegé, založené v roce 1705 otcem Juan María Basaldúa, 117 kilometrů severně od Loreta, bylo jedním z nejlépe umístěných, protože bylo postaveno v oáze u moře.
Mise spojily krásu architektury a bohatství výzdoby s praktickým prostředím, které umožňovalo vznik stálých sídel kolem nich. Misionáři nejen evangelizovali domorodce, ale naučili je, aby byla poušť plodná datlovníky; představili dobytek a pěstování kukuřice, pšenice a cukrové třtiny; Podařilo se jim přinutit zemi, aby produkovala ovocné stromy, jako je avokádo a fíky, a aby vyhověly náboženským obřadům, které vyžadovaly víno a olej, získali povolení pěstovat vinnou révu a olivovník, což bylo ve zbytku Nového zákona zakázáno. Španělsko, a díky tomu se dnes v regionu vyrábí vynikající vína a olivový olej. A pokud to všechno nestačilo, představili také první růžové keře, které v těchto zemích vzkvétaly a které dnes zdobí parky a zahrady celého poloostrova.
