Christianizace Yaquis byla tím, co umožnilo řeholníkům rozšířit se v roce 1609 a proniknout na území Sonory.
Během kolonie odpovídala Sonora pouze na svahy Sierra Madre Occidental v mezích této entity. Region, který vedl na sever od řeky Yaqui, včetně Real de la Cieneguilla, se jmenoval Pimería Baja a nejsevernější region od tohoto Realu k řece Colorado - již v současném severoamerickém státě Arizona - se jmenoval Pimería Alta.
Současné území Sonoran zahrnuje také malou oblast na jihozápadě tehdejší známé jako Pimería, která se nachází ve státě Chihuahua a Ostimuri, což je místo na pobřeží Kalifornského zálivu, mezi řekami Mayo a Yaqui.
V roce 1614 misionáři Pérez de Rivas a Pedro Méndez pokřesťanšťovali Mayy v oblasti Ostimuri a rozdělili misi na tři okresy: Santa Cruz (u ústí Mayo), Navojoa a Tesia.
Tepahues byly začleněny společně s Cornicaris v roce 1620. Otec Miguel Godínez založil mise San Andrés de Cornicari a Asunción de Tepahui . Téhož roku byl založen rektorát San Ignacio, který zahrnoval kromě výše zmíněných pěti misí také Bacúm, Torín a Rahún, které se nacházely u ústí Yaqui.
V roce 1617 konvertovali Yaquis rodiče Pérez de Rivas a Tomás Basilio. Navzdory utrpení povstání, nepokojů, muk a vražd byla přeměna Sonory rychlejší a bezpečnější. V 17. století se jezuité rozšířili a založili misi Maycoba a Yecora v jihozápadní části toho, co znali jako Chínipas.
Mise od řeky Yaqui na severu byly rozděleny do čtyř farností: San Borja seskupil mise: Cucumaripa a Tecoripa , založena v roce 1619; Movas a Onovas, v roce 1622; Sahuaripa v roce 1627; Matape v roce 1629; Onapa v roce 1677 a Arivechi , v roce 1727. Rektorát tří svatých mučedníků v Japonsku, který zahrnoval Batuco založený v roce 1627, Oposura v roce 1640 a Bacadeguachi , Guazavové , Santa María Baceraca a San Miguel Bavispe , založena v roce 1645. A rektorát San Javier, který integroval mise Ures v roce 1636; Aconchi, Opodepe a Banámichi v roce 1639; Cucurpe a Arizpe v roce 1648 a Cuaquiárachi v roce 1655.
V roce 1687 vstoupil misionář Eusebio Francisco Kino do Pimería Alta a zahájil mise rektorátu Nuestra Señora de los Dolores a založil: Caborca, do kterého byl přidělen Francisco Javier Saeta, který udržuje korespondenci s jeho duchovní podporou, otcem Kino; Atil, Tubutama, Panna Maria Bolestná de Saric, Pitiquito, Aiil, Oquitoa, Magdalena, San Ignacio, Cocóspera a Imuris.
Po vyhnání jezuitů měli mise na starosti františkáni, kteří se již nepostavili a omezili se pouze na snahu zachovat ty stávající. Jakmile jezuité již založili osady v Sinaloa a Sonora, obrátili oči k kalifornskému území.
