Archeologické pozůstatky Ixtépete, slavnostního centra poblíž města Guadalajara v obci Zapopan a nedávné nálezy více než dvaceti šachtových hrobek v údolí Atemajac, nám umožňují dovodit, že v klasickém období existovala důležitá povolání (200 BC-650 AD)
Krátce před dobytím údolí z velké části obývali skupiny Cocas a Tecuexes, shromážděné v malých vesnicích závislých na panství Tonallan, které bez velkého odporu předložil Nuño Beltrán de Guzmán v roce 1530.
Na konci následujícího roku Guzmán podnikl dobytí směrem na sever a pověřil Juana de Oñate překročit rokli řeky Santiaga a pokud možno, ale s rozvahou, našel španělské obyvatelstvo, aniž by se odhalil. Tak 5. ledna 1532, nedaleko Nochistlánu, v dnešním Zacatecas, byla založena Guadalajara.
Podmínky nepříznivé pro osadníky způsobily přesun tohoto města do Tonalá, ale pobyt tam byl krátkodobý a brzy poté, co se Hispánci usadili poblíž Tlacotanu, kde zůstali až do roku 1541. Povstání caxcanes lépe známé jako válka Mixtón, která vážně ohrozilo španělskou nadvládu, dorazilo až do okolí Guadalajary. Po vzpouře potlačené „ohněm a krví“ mocnou armádou vedenou místokrálem Antonio de Mendoza dosáhlo město míru, ale zůstalo bez domorodé práce, a tak se při hledání toho rozhodlo přesunout obyvatelstvo a najít adekvátní Valle de Atemajac, kde byl poslední a definitivní základ založen 14. února 1542. Později se potvrdila zpráva, že téměř tři roky předtím mu král udělil hodnost a výsady města.
V roce 1546 vytvořil papež Pavel III. Biskupství v Nuevě Galicii a v roce 1548 byla založena stejnojmenná Audiencia; Centrála obou jurisdikcí byla původně v Compostela v Tepic, dokud nebyla v roce 1560 nařízena její změna na Guadalajaru, čímž se stala soudní hlavou rozsáhlého území, které se tehdy nazývalo Audiencia of Guadalajara, hlavní město království Nueva Galicia a sídlo biskupství. Vzhledem k tomu, že každé španělské město bylo postaveno jako šachovnice z náměstí San Fernando a také, jak bylo zvykem, byla z plánu vynechána domorodá čtvrť Mexicaltzingo, Analco a Mezquitán. Evangelizační proces zahájili františkáni, následovali augustiniáni a jezuité.
Postupně, s obtížemi a neúspěchy, ale také s úspěchy, Guadalajara rostla a etablovala se jako ekonomické a mocenské centrum, a to natolik, že v polovině 18. století značný počet bohatých lidí z Guadalajary chtěl, aby Nueva Galicia a Nueva Vizcaya integrovaly zcela cizí místokrálovství. do Nového Španělska, cíle, kterého nebylo dosaženo, protože na obzoru byly politicko-správní reformy z roku 1786, které změnily územní strukturu a rozdělily celou místokrálovství na 12 obcí, z nichž jedna byla Guadalajara.
Během kolonie, zejména v 18. století, ekonomický rozmach zanechal architektonické, kulturní a umělecké dědictví, jehož svědectví stále zůstávají po celém městě.
Vysílání za nezávislost, které probíhalo po celém území nového Španělska, proniklo do Jalisca, takže když vypukla válka za nezávislost v různých částech obce, došlo k povstání.
26. listopadu 1810 vstoupil Don Miguel Hidalgo, velící velké armádě, do Guadalajary a byl přijat José Antonio Torresem, který krátce předtím obsadil město. Zde Hidalgo vydal dekret o zrušení otroctví, orazítkoval papír a alcabaly a sponzoroval tisk povstaleckých novin El Despertador Americano.
17. ledna 1811 byli povstalci poraženi na mostě Calderón a monarchistické jednotky Calleja obnovily Guadalajaru za předpokladu, že velí José de la Cruz, který spolu s biskupem Cabañasem ničí jakékoli vypuknutí povstání.
Vyhlášená nezávislost v roce 1821, svobodný a svrchovaný stát Jalisco, byl postaven, takže Guadalajara jako hlavní město státu a sídlo mocností.
Nestabilita, která v zemi panovala téměř celé devatenácté století, zhoršená zahraničními invazemi, to ztěžovala, ale nebránila státu a zejména jeho hlavnímu městu v dalším vývoji v různých řádech. Hmatatelné příklady jsou: ve druhé čtvrtině století vznik Ústavu státních věd; výstavba Školy uměleckých řemesel, Botanické zahrady, Věznice a Betlémského panteonu a otevření prvních továren.
Na začátku osmdesátých let se objevily městské tramvaje se zvířecí trakcí, elektrické světlo bylo instalováno v roce 1884, v roce 1888 dorazila první železnice v Mexiku a v roce 1909 Manzanillo. V devadesátých letech založil Don Mariano Bárcena Astronomickou observatoř a průmyslové muzeum.
Během revoluce došlo v Guadalajaře k některým rebelským činům proti díazské diktatuře, jako byly stávky dělníků a studentské protesty, a Madero byl dokonce přijat v letech 1909 a 1910 s velkým vyjádřením soucitu. K následkům však nebyly žádné agresivní události. Na druhé straně hlavní město Guadalajara utrpělo určitou stagnaci, která skončila v roce 1930, jakmile byl dohodnut mír narušený válkou Cristeros, a začala touha po modernizaci, která neskončila.
Viz také koloniální města: Guadalajara, Jalisco
