Hidalgo odešel do Aguascalientes a zamířil do Zacatecas. Zde bylo zjištěno, že hlavní vůdci s nejlepšími vojáky a penězi odešli do Spojených států.
Jakmile byli na cestě, dostali se monarchisté do zajetí 21. března v Norias del Baján nebo Acatita del Baján. Hidalgo byl převezen do Monclové, odtud odešel 26. března přes Alamo a Mapimí a 23. vstoupil do Chihuahua. Poté byl vytvořen proces a 7. května bylo přijato první prohlášení. Církevní charakter Hidalga způsobil, že jeho proces byl zpožděn více než u jeho společníků.
Rozsudek za snížení úrovně byl vyhlášen 27. července a 29. července byl vykonán v královské nemocnici, kde byl uvězněn Hidalgo. Rada války odsoudila vězně ke zbrani, nikoli na veřejném místě, jako jsou jeho společníci, a střelila ho do hrudi a ne do zad, čímž si zachovala hlavu. Hidalgo klidně slyšel větu a připravoval se na smrt.
Jeho poslední den byl popsán následovně: „Ve svém vězení mu byla podána čokoládová snídaně a po jejím přijetí prosil, aby místo vody dostal sklenici mléka, kterou zakončil mimořádnou chutí a chutí. O chvíli později mu bylo řečeno, že nastal čas jít na mučení; slyšel to beze změny, vstal a prohlásil, že je připraven odejít. Ve skutečnosti vyšel z odporné krychle, ve které se nacházel, a když od ní postoupil patnáct nebo dvacet kroků, na okamžik se zastavil, protože se ho strážný důstojník zeptal, jestli mu bylo nabídnuto něco, čeho by se mohl zbavit jako poslední; Na to odpověděl ano, že chce, aby mu přinesli nějaké sladkosti, které mu zůstaly na polštářích: skutečně je přinesli a poté, co je rozdělili mezi stejné vojáky, kteří na něj měli pálit a pochodovali za ním, je povzbudil a potěšil svým odpuštěním a jeho nejsladší slova pro splnění jejich úřadu; A protože dobře věděl, že mu bylo nařízeno, aby si nevystřelil hlavu, a bál se, že bude hodně trpět, protože bylo stále soumrak a objekty nebyly jasně vidět, uzavřel slovy: „Pravá ruka, kterou si přiložím na hruď, bude „Děti moje, bezpečný cíl, ke kterému musíte jít“.
"Lavička mučení tam byla umístěna ve vnitřní ohradě uvedené školy, na rozdíl od toho, co se stalo s ostatními hrdiny, kteří byli popraveni na malém náměstí za uvedenou budovou a kde je dnes památník." to nám připomíná jeho a nový obchod, který nesl jeho jméno; A když Hidalgo věděl o místě, kam jde, pochodoval pevným a klidným krokem, aniž by nechal oči zavázat oči a modlil se silným a vroucím hlasem, žalm Miserere mě; Dorazil na lešení, políbil ho s rezignací a respektem, a navzdory nějaké hádce, která ho nedělala sedět otočená zády, se posadil dopředu, položil si ruku na srdce, připomněl vojákům, že to byl místo, kde by ho měli zastřelit, ao chvíli později explodoval výboj pěti pušek, z nichž jedna účinně prorazila pravou ruku, aniž by zranila srdce. Hrdina, téměř lhostejný, napjal svou modlitbu a jejich hlasy byly umlčeny, když bylo znovu odpáleno dalších pět puškových náhubků, jejichž kulky kolem těla rozbily pouta, které ho svazovaly k lavičce, a muž spadl do jezera krve, ještě nezemřel; k závěru, že drahocenná existence, která více než 50 let respektovala smrt, byla nutná další tři výstřely. “
Jeho hlava byla s hlavami Allendeho, Aldamy a Jiméneze umístěna do železných klecí v rozích Alhóndiga de Granaditas v Guanajuato. Tělo bylo pohřbeno ve třetím řádu San Franciska de Chihuahua a v roce 1824 byl kufr a hlava přineseny do Mexika, aby byly pohřbeny s velkou vážností.
